Los presidentes perdieron el control de los estados cuando los gobernadores dejaron de ser impuestos desde el centro. La hegemonía territorial del PRI empezó a decaer en 1989, cuando perdió Baja California con el PAN. Carlos Salinas de Gortari purgó a 17 mandatarios locales, todos del PRI. La medida se basó en la venganza: las primeras defenestraciones ocurrieron en las entidades donde Cuauhtémoc Cárdenas ganó las elecciones presidenciales de 1988; el miedo: para no correr la misma suerte, y mientras Salinas cubría las vacantes con incondicionales, los gobernadores se plegaron a Los Pinos; y la negociación política: para legitimar y darle estabilidad a su Gobierno, Salinas cedió gubernaturas al PAN al margen de las urnas. Entre los casos más escandalosos destaca el de Guanajuato, donde Ramón Aguirre ganó las votaciones, pero quien rindió protesta ante el Congreso fue Carlos Medina Plascencia.
Ernesto Zedillo, quien llegó al poder sin grupo político por haber emergido candidato presidencial tras el asesinato de Luis Donaldo Colosio, puso fin a medias a la caza de brujas. Los cuatro gobernadores obligados a renunciar en su sexenio también eran del PRI. La separación de Eduardo Robledo Rincón ocurrió en febrero de 1995, dos meses después de iniciada su Administración. Esa era una de las condiciones del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) para continuar el proceso de pacificación en Chiapas. El triunfo de Robledo lo impugnó el candidato del PRD, Amado Avendaño, y aumentó la agitación en el estado.
Rubén Figueroa Alcocer, gobernador de Guerrero, dejó el cargo en marzo de 1996 debido a la masacre de más de 17 campesinos en el vado de Aguas Blancas, ocurrida en junio del año previo. El presidente Zedillo protegió a su compadre hasta que un video filtrado a la prensa desmontó la versión oficial de que la policía fue agredida por integrantes de la Organización Campesina de la Sierra del Sur (OCSS). Investigaciones posteriores demostraron que la escena había sido alterada y que a las víctimas se les sembraron armas. El crimen de Estado sigue impune 30 años después de haberse cometido.
El gobernador salinista de Nuevo León, Sócrates Rizzo García, dimitió en abril de 1996 rodeado de escándalos. Sin embargo, más que los supuestos actos de corrupción, el retiro de Rizzo lo provocó el encono del presidente Zedillo y de la oligarquía nuevoleonesa. El cuarto renunciante fue Jorge Carrillo Olea por la crisis de seguridad en Morelos. El general ya había sido vinculado por The New York Times con el narcotráfico. También se le encausó por secuestro y
homicidio. En México, la mayoría los mandatarios son exonerados sin importar la gravedad de los delitos. La regla aplicó también para Carrillo.
Mario Villanueva, gobernador del clan Salinas, tuvo desavenencias con Zedillo, pero cayó por brindarle protección al Cartel de Juárez en Quintana Roo. Villanueva no asistió a la entrega de poder para evitar ser detenido. En 2001 fue capturado y en 2008 se le impuso una pena de 36 años de prisión por operaciones con recursos de procedencia ilícita y fomento al narcotráfico. En 2010 se le extraditó a Estados Unidos, donde se declaró culpable de lavado de dinero. El único gobernador que no pudo ser defenestrado por Zedillo fue Roberto Madrazo, cuya elección fraudulenta en 1994 desestabilizó a Tabasco por las movilizaciones del candidato opositor Andrés Manuel López Obrador. Federico Madrazo, hijo del exgobernador, figura entre los socios del portal Latinus, enemigo de AMLO y de la presidenta Claudia Sheinbaum.
