La Conferencia Nacional de Gobernadores (Conago) mantuvo su alianza con el presidente Enrique Peña Nieto hasta el final de su sexenio. En la 50 reunión ordinaria, celebrada el 29 de febrero de 2016 en Toluca, asistieron todos sus integrantes: 18 del PRI, ocho del PAN, cuatro del PRD, uno del PVEM y uno independiente. Morena debutó en las elecciones federales del año previo, pero no gobernaba aún ningún estado. La Conago se escindió a finales de 2019, cuando 10 gobernadores (la mayoría del PAN) formaron la Alianza Federalista (FA) para plantar cara al presidente Andrés Manuel López Obrador.
La AF retomó viejas banderas, como la de mejorar la distribución de los ingresos tributarios, y aprovechó la enfermedad por coronavirus para exigir más recursos. Frente a las negativas de AMLO, los gobernadores amagaron con romper el pacto fiscal. «Es un asunto constitucional, no les conviene», replicó. Los estados y municipios dejaron de recibir 80 mil millones de pesos en los tres primeros meses de 2020 por efectos de la pandemia. En el mismo periodo, Hacienda les depositó 646 mil 154 millones de pesos, dijo el presidente. El mayor impacto para los estados fue por la desaparición de fondos y fideicomisos por 68 mil 400 millones de pesos, reasumidos por el Gobierno federal.
Las motivaciones de la AF eran más políticas que reivindicativas. El envite de los gobernadores excedía sus capacidades y estaba fuera de la realidad. Mientras los grupos de interés fraguaban una alianza con la oposición para contener a Morena en las elecciones intermedias de 2021, los disidentes de la Conago aprovechaban la coyuntura para recuperar poder. Juntos pretendían recuperar el control de la Cámara de Diputados —donde se autoriza el presupuesto— y debilitar a López Obrador en las elecciones presidenciales de 2024. El tiro salió por la culata. Morena mantuvo el control de la Cámara de Diputados y ganó a la alianza Va por México (PRI-PAN-PRD) la mayoría de las gubernaturas.
La AF perdió así tres socios clave: Nuevo León, Tamaulipas y Chihuahua. Los gobernadores Samuel García (Movimiento Ciudadano), Américo Villarreal (Morena) y Maru Campos (Chihuahua) optaron por la ruta de la cooperación de la Conago. Javier Corral, uno de los integrantes de la AF más combativos, renunció al PAN y se integró al equipo de la ahora virtual presidenta electa Claudia Sheinbaum. El chihuahuense logró la detención de su predecesor César Duarte —liberado recientemente por un juez— por los cargos de peculado y enriquecimiento ilícito, entre otros.
La Conago reanudó actividades el 16 de diciembre de 2021, en Tabasco, con la asistencia de AMLO y los gobernadores de la AF. «La Alianza Federalista ya está un poco desdibujada, muchos ya se fueron, otros, los que estamos, ya no sabemos si estamos o ya no estamos. Lo que es cierto es que estamos reunidos hoy con el presidente porque nos interesa mucho velar por nuestros estados y por el país. (…) Ya no nos hemos reunido», declaró a Latinus uno de los aliancistas. Días después la AF se disolvió sin lograr ninguno de sus objetivos. Santiago Nieto Castillo, doctor en derecho y maestro de la UNAM, escribe sobre la aventura: «La forma de construir el federalismo (…) es a partir de los diseños constitucionales legales (…). La Alianza Federalista nació con la intención de cercenar a la Conago (…) en franca oposición al Gobierno federal, lo que de inicio no solo es contrario a los principios de la Constitución (…) también refleja una actitud poco democrática de quienes idearon y encabezaron este movimiento» («La Alianza Federalista, fin de una mentira».
La Jornada, 21.12.21).
