La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) ha estado sujeta a vaivenes políticos y conflictos armados (Guerras de Independencia, de Reforma y Revolución), a la hegemonía del PRI y a la alternancia en el poder. Durante ese proceso, los ministros, cuyo número y periodo varió, fueron nombrados por el Congreso de la Unión mediante sorteo y más tarde a propuesta de las legislaturas locales. También se les designó en elecciones populares. Finalmente, esa potestad pasó al Senado con base a las ternas presentadas por el presidente de la república. En la Guerra de Reforma funcionaron dos Cortes: una conservadora y otra liberal.
Durante el porfiriato los poderes Legislativo y Judicial estuvieron bajo la férula del dictador. En 1910 y 1913, Francisco I. Madero y Venustiano Carranza desconocieron a la Corte en los planes de San Luis y de Guadalupe. En medio del fragor revolucionario, los tribunales del fuero de guerra se ocuparon de los delitos federales y asumieron la impartición de justicia en 1914. La Corte reabrió tres años después, cuando el presidente Carranza promulgó la Constitución de 1917 (aún vigente). El Poder Judicial se transformó y su ejercicio pasó a la (SCJN) y a los tribunales de Circuito y de Distrito. En los debates del Constituyente se propuso nombrar a los miembros de la Corte a través del voto popular, pero la idea de dejar esa tarea a un colegio electoral de diputados y senadores terminó por imponerse. Bajo ese criterio se eligieron 11 ministros para un lapso de cuatro años; a partir de 1923 serían inamovibles.
Una reforma de 1928 limitó la autonomía de la Corte. Para aumentar su influencia, Plutarco Elías Calles canceló la facultad del Congreso de la Unión para elegir a los ministros, cuyo número subió a 16, y se la transfirió a él. La Cámara de Senadores, controlada por el presidente, debía ratificar los nombramientos. Ese mismo año, el asesinato de Álvaro Obregón (electo para un segundo periodo en la presidencia), atribuido al Jefe Máximo, abrió la puerta para la fundación del Partido Nacional Revolucionario (PNR) y el nacimiento de la «dictadura perfecta». El aparato judicial quedó en manos del Ejecutivo federal, con lo cual monopolizó los poderes públicos. Reformas posteriores elevaron a 21 y a 26 los asientos en la SCJN.
Con el devenir y sin equilibrios ni oposición, el presidente adquirió atribuciones metaconstitucionales como las definió el jurista Jorge Carpizo, autor de El presidencialismo mexicano (1978). Las reformas a la Constitución, la Ley Orgánica del Poder Judicial de la Federación y la Ley de Amparo, promovidas por el presidente Miguel de la Madrid en 1988, descentralizaron y agilizaron la justicia federal. También se le concedió a la SCJN la interpretación definitiva de la Ley fundamental y la facultad de atracción de casos relevantes.
De la Madrid calificó la reforma jurídica como «la más amplia» por su cobertura y por «permitir al ciudadano defenderse ante los actos excesivos de la autoridad». Sin embargo, advirtió: «Aún subsisten importantes problemas de seguridad pública que se han agravado por la situación económica y el intenso proceso de urbanización». Reconoció, asimismo, que la prevención e investigación policíaca y los procesos judiciales y de impartición de justicia «no son todo lo ágiles que se quisiera y subsisten fenómenos de deslealtad y corrupción». El narcotráfico, el poder económico y el nepotismo contaminarían aún más al aparato judicial en los siguientes sexenios.