La alternancia política modificó los equilibrios en los estados, en la mayoría de los casos para mal, pues generó mayor violencia, corrupción y endeudamiento. Cuando el presidente designaba a los gobernadores había poco espacio para los cacicazgos, pues cada sexenio asumía el poder un nuevo grupo. Sin embargo, a partir de 2000 los ejecutivos locales empezaron a nombrar sucesor para cubrirse las espaldas y asegurarse un retiro dorado, libre de conflictos e investigaciones. Esa situación les permitió disfrutar de fortunas fabricadas durante sus mandatos.
No todos los gobernadores corrieron con la misma suerte, pues en algunos estados la ciudadanía votó por candidatos de oposición. La alternancia permitió poner entre rejas a pillos como Javier Duarte, Guillermo Padrés, Andrés Granier, Roberto Borge, Roberto Sandoval y César Duarte. Coahuila, en cambio, consintió la primera sucesión entre hermanos (Humberto y Rubén Moreira) y nadie dijo ni pío. El docenio resultó fatal para el estado, no solo por la megadeuda, sino también por el envilecimiento de la política y de las instituciones. Rafael Moreno impuso en Puebla, después de un gobierno títere de 20 meses, a su esposa Érika Alonso, con quien murió más tarde en un accidente aéreo.
Bajo la presidencia imperial, ningún gobernador estaba firme en el cargo. Cualquier conflicto, escándalo o desplante a la federación los ponía en la picota. Muchos fueron destituidos después de campañas mediáticas orquestadas en Los Pinos y en Gobernación. Carlos Armando Biebrich cayó en Sonora; Óscar Flores Tapia, en Coahuila; Mario Ramón Beteta, en Estado de México; y Guillermo Cosío, en Jalisco. Gracialiano Alpuche, en Yucatán. La lista es interminable. El periodo de mayor impunidad en los estados coincide con los gobiernos de Vicente Fox, Felipe Calderón y Peña Nieto, cuya debilidad aprovecharon los ejecutivos estatales para aumentar su poder.
La violencia y la venalidad se dispararon en los sexenios de Calderón y Peña Nieto. El presidente Andrés Manuel López Obrador no ha podido contenerlas, pese a que Morena gobierna la mayoría de los estados (22). La combinación de inercias, incompetencia y corrupción ha impedido someter a la delincuencia organizada. El financiamiento de grupos criminales a candidatos de todos los partidos les dio poder y control territorial. Es una de las razones por la cuales los carteles de la droga siguen posesionados de regiones y carreteras. Estado de México (PRI), Guanajuato (PAN), Jalisco (Movimiento Ciudadano), Zacatecas (Morena) y San Luis Potosí (Verde Ecologista) figuran entre los más inseguros y peligrosos, como antes lo fue Coahuila y no han dejado de serlo Guerrero, Tamaulipas y Durango.
El modelo presidencialista, a escala, prevalece en los estados. La mayoría de los gobernadores controla los poderes legislativo y judicial, así como los organismos constitucionales autónomos. La situación brinda privilegios y ventajas a los poderes fácticos, inclinados por este tipo de gobiernos, pues garantizan mejor sus intereses. El problema surge cuando imponen condiciones y agendas al Gobierno e incluso candidatos. López Obrador no ha recurrido a los mecanismos de presión del viejo presidencialismo, pero ha retomado las riendas del Estado para acotar a los gobernadores. Empero, todavía no ha logrado vencer las resistencias para disminuir la violencia y la impunidad en los estados.
